Le FAFPA dispose d’organes de décision que sont :
- Le Conseil d’Administration tripartite de douze (12) membres (pouvoir public, employeurs, travailleurs);
- Le Comité de Sélection et d’Agrément Tripartite de douze (12) membres (pouvoir public, employeurs, travailleurs).
Les organes d’exécution du FAFPA sont :
- La Direction Générale ;
- Les Départements ;
- Les Divisions ;
- Les Antennes Régionales.